另外，車輪與路軌的接口並非完全吻合而產生震動，令列車懸掛系統可能產生裂紋。 九鐵主席田北辰於2006年1月14日表示，管理局將每晚開會，確保東鐵可以安全行駛後才會開車，並承諾如再有主要組件或其綑綁的尼龍索帶鬆脫，九鐵將即時決定東鐵全線停駛。 最後，九鐵於2006年1月15日獲政府批准，使東鐵改以人手操作，但東鐵由羅湖至尖東的行車時間會增加1.5分鐘，而早上繁忙時間的班次將由每小時24班減至23班，其後更一度減到每小時21班。 經過深入的徹底調查，九鐵確定列車自動操作系統並非導致出現裂紋的直接因素，並於2006年8月6日獲政府批准，恢復東鐵以自動操作系統運作。 1991年6月18日約晨早8時45分，大學站以北（白石角貼近中文大學）路段的電纜嚴重折斷。
當列車在駛至分岐口，轉轍器沒有將列車引入中線路軌，列車因而駛入安全側線。 因超速行駛，列車收掣不及，撞上止衝擋，第一卡因撞擊斷開兩截，凌空彈起再壓斷一條電纜柱，然後翻側，斷開的後半截車卡壓著橫放了包括車頭的前半截車卡。 當時車上有兩名職員，於車頭的車長及時逃生，僅受輕傷，司機則在列車另一端，未有受傷。 肇事的車卡事後報廢，而E45組餘下完好的233號車卡則在數年後代替在何東樓車廠內撞毀屬於E58組的原272號車卡，成為今天的458號車卡，而舊有272號車卡亦報銷。 而自從屯馬綫全綫通車後，東鐵綫最繁忙路段由大圍站至九龍塘站改為沙田站至大圍站。 根據港鐵向立法會提交的2022年統計數字，2021年疫情較為緩和月份的載客率以每平方米四人站立密度計算為58%。 東鐵線全線在2022年5月轉為9卡車後，單向每小時載客量減少近兩萬人次，較舊信號系統少約18%。 此外，由於東鐵綫大部分路段屬於露天路段，故每逢惡劣遇上天氣如熱帶氣旋影響本港時，本綫路段容易因露天電纜損毁、山泥傾瀉、塌樹等各種原因導致不能提供完整服務。 當惡劣天氣過去時，本綫服務往往因工作人員仍在進行搶修而未能恢復正常，往往出現本綫車廂和沿綫的車站月台和大堂甚至站外逼滿乘客的現象。 香港鐵路有限公司，〈東鐵綫新信號系統及新列車 將於二零二零年九月十二日投入服務〉［新聞稿］，2020年8月28日。
東鐵線港島: 車站數目
多家傳媒在2019年12月報道深圳當局開始重新規劃罗湖口岸的設計，建議把港鐵東鐵綫北延過深圳河，以及預留接口位置與香港在內地做「一地兩檢」，改變現時兩地兩檢的通關模式。 香港政府表示未有接獲深圳市政府有關部門建議，待接獲深圳方面提出的正式建議後，有關部門會研究建議的可行性及效益。 計劃於落馬洲站和上水站之間的古洞興建古洞站，並接通未來的港鐵北環綫，舒緩由上水一帶前往屯門和元朗一帶的多重轉車問題。 網民對事件評價兩極，有人質疑行李尺寸合共175厘米，超過規定的170厘米。 亦有人質疑港鐵職員為何不先將該行李拿下車，讓黑衣男女繼續阻礙列車開出。 2020年2月2日，東鐵綫一列停靠羅湖站的列車被人放置兩顆土製炸彈，企圖迫使特區政府「封關」全面切斷所有與內地的關口，防止2019冠狀病毒病疫情擴散；香港警方形容向恐怖主義行近一大步。 而東鐵綫過海段於2022年5月15日正式通車後，有乘客雖然認同較以往方便，但同時擔心目前9卡車難以應付客量，變得更擠逼，可能要「企足全程」。
直到區域市政局（現改為食物環境衛生署）上水屠房於2000年1月啟用後，問題終於得以解決。 九廣鐵路－英段時代的定位本為近郊鐵路，因沿綫的大型新市鎮相繼落成，客量大幅增加，在1990年代逐漸改變為區域鐵路，並翻新列車以迎合通勤化的需要，而1997年9月1日起開始凍結票價，直到2010年6月13日方進行加價。 一直以來，絕大部份車程的票價比巴士便宜，雖然本地鐵路服務虧損嚴重，不過由於羅湖站的票價甚高，足可彌補前者的虧損。 東鐵線港島 頭等車票：自蒸汽火車時代，九廣鐵路英段一直設有不同車廂等級；而九廣鐵路電氣化起，簡化為普通等及頭等兩個等級，乘搭頭等需要繳付頭等附加費。 現時，普通等與頭等設不同的車票，選搭頭等的乘客需先於東鐵綫各站售票機或任何車站的客務中心購買頭等車票。 校正列车位置，通过Wi-Fi连续地传送ATP信息，实现移动闭塞。
最終，港鐵於2020年8月下旬宣佈，混跑計劃將連同新訊號系統之啟用於9月12日開展。 1955年9月2日，九廣鐵路局邀請港督葛量洪爵士及其夫人慕蓮女士在尖沙咀火車站替首兩輛柴油機車進行啟用儀式。 1956年4月27日，九廣鐵路（英段）一部軍用蒸汽火車頭（編號22）於紅磡車廠發生爆炸，釀成6名維修工人死亡，被視為九廣鐵路（英段）由蒸汽火車頭年代全面邁向柴油機車年代的導火線。 事實上由翌年起，只有少部份蒸汽火車頭仍然服役，並提供後勤服務。 直至1962年9月2日，柴油機車全面取代燃煤發動的蒸氣火車頭，九廣鐵路（英段）正式邁向柴油火車年代。
東鐵線港島: 港鐵東鐵線運營情況
港鐵是使用率高的鐵路網絡，包括9條本地鐵路線，分別為觀塘線、荃灣線、港島線、南港島線、東涌線、將軍澳線、迪士尼線、東鐵線及屯馬線。 《南方都市報》報導，香港東鐵線過海段訂於5月15日開通，成為香港第四條過海鐵路。 據悉，過海段開通後，內地旅客由羅湖、福田口岸出發，可實現「一程過海」，無需換乘便可直達港島金鐘。 香港地鐵東鐵線過海段將於15日通車運行，新建成的會展站也將同日啓用，待疫情趨緩後，位於深圳羅湖的東鐵線最北站也將重開，完成香港深圳地鐵一日生活圈。 據了解，東鐵線港鐵昨（9）日提前實施會展站開放日，開放5600個名額參觀，站內展示的二戰時期炸彈彈殼，也吸引參觀民眾拍照留念。 東鐵線港島 東鐵線過海段何時通車一直備受關注，實政圓桌立法會議員田北辰早前透露，經多個渠道得悉，東鐵線過海段已準備就緒，擬提早於本月15日通車，正等待政府拍板。 屆時東鐵線終點站將由紅磡延伸至金鐘，途經新建於灣仔北的會展站，將成為本港第四條過海鐵路。 至於城際列車方面，因應內地高鐵網絡的發展，而且其覆蓋面亦非常綿密，所以現時來說，特區政府、港鐵公司及內地相關的部門亦正就城際列車的安排進行檢視。
港鐵早前表示,東鐵線過海段的測試工作在過去3個多月一直進展順利,相關的法定檢測亦正按步就班地進行,當有關程序完成,並確定通車日期後,會適時向外公布。 根據資料所示，從紅磡至金鐘所需時間大約為7分鐘，至會展更只需要約5分鐘車程。 新建的會展站鄰近香港會議展覽中心，車站擁有兩個出入口連接：海港中心及鷹君中心。 該兩個出入口均設有升降機接通灣仔區行人天橋網絡及地面。 新列車在韓國製造，保留頭等車廂，車廂較原有的十二卡列車寬敞，車廂內有動態路線圖、車卡連接通道LED顯示屏等，座位重新設計，改良扶手及照明系統等，藉此吸引乘客行入車廂中間，以免迫在近門口位置，造成擠迫。 東鐵線港島 不過，不少網民都在討論區作熱烈討論，當中就有人質疑點解要起沙中線，表示沙中線開通之後，港島就不再是清泉！ 沙中線工程擾攘10年以上才動工，及後又發生了剪鋼筋、沉降、接收工地延誤、嚴重超支等一連串事件，東鐵線過海段通車日期一再延後。 站內另一特色是擺放了一枚重達千磅的深水炸彈，這是美軍在二戰時以轟炸機所投下，由於未有爆炸一直藏於海牀下，直至鋪設過海段沉箱工程時才被發現，由警方拆彈專家拆除後，現時擺放在月台大堂中央，成為大家的打卡位置。
- 經過初步調查之後發現，東鐵列車在2003年改用自動列車運轉裝置（TBL 2 ATO，以比利時TBL訊號系統為基礎）後，對列車組件增加達1倍的壓力。
- 5月6日下午2時，九龍總站至沙田車站電氣化完成，俗稱黃頭的英國都城嘉慕製電動列車組投入服務，並由署理港督夏鼎基爵士主持啟動典禮。
- 港鐵後來基於新訊號系統已確認符合測試所需的安全要求，而且新系統與發生相撞意外的荃灣綫新訊號系統不同，港鐵於2019年5月29日凌晨恢復試車。
- 運輸及房屋局局長陳帆較早時於記者會中表示，東鐵線過海段於5月15日開通，成為香港第4條過海鐵路。
- 有鐵路迷特地清早到場搶飲頭啖湯，在歡呼聲下搶閘試乘新列車。
不過由於過海段工程及轉用新車進度推遲下，相隔10年未見蹤影。 到2022年5月，網媒香港01引述消息指過海段通車後，工程團隊最快在2022年或2023年於個別車站完成安裝1.8米高的月台閘門，不過全線安裝完全仍需等候數年。 九龍塘站、沙田站、上水站較繁忙的車站，過境乘客經常擠進車廂，令部份往羅湖站的車廂過於擠迫。 上午繁忙時間南行方向由於沒有直通車，加上班次較下午繁忙時間為多，所以車廂擠迫情況尚可接受。 東鐵線港島 1996年8月下午5時50分，上水站列車信號系統控制室因電路板燒毀，導致電腦信號系統失靈，太和站至羅湖站列車服務停頓25分鐘，東鐵提供接駁巴士接載乘客往返太和及上水。 工程人員估計系統故障可能是受控制室外銅製電線被雷電擊中有關。
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被問到車卡減少會否令列車更為擠逼，黃琨暐表示，屯馬線開通已發揮顯着的分流作用，港鐵會視乎情況調整列車服務，而目前東鐵線在早上繁忙時間增加南行列車，非繁忙時間亦會加密班次。 對於東鐵線早前有九卡列車在風暴下漏水，黃琨暐表示已找到出現問題的部件，並妥善處理，不會影響新列車的安排。 東鐵北行列車，因訊號問題發生故障，有事發時乘搭列車的市民指出，列車不時「行吓又停吓」（動一下又停一下），令沙田站至大埔墟站車程延長至近一小時。 東鐵線港島 3日火炭站港鐵發言人稱，下午3時05分，港鐵東鐵綫一列前往落馬洲方向的列車，訊號顯示制動系統出現問題，為審慎起見，車務中心安排該列車抵達火炭站時讓約300名乘客下車，轉往對面月台乘搭下一班列車，約3分鐘後乘客上車繼續行程。 因應2019冠狀病毒病疫情，香港賽馬會於2020年1月26日至10月18日期間暫停於賽馬日開放沙田馬場公眾席，故此馬場站亦暫停開放。
該服務在戰時暫停，至戰後因該鐵路巴士依然倖存，因此恢復服務。 鐵路局於1947年再度改裝一架鐵路巴士提供服務，至1961年結束。 2017年12月21日，約晚上10時半，一輛往羅湖方向的港鐵近畿川崎列車，疑因車門故障，乘客要轉乘另一班列車。 發生供電故障，期間紅磡站來往沙田站列車服務一度暫停，而其餘各站則只能提供有限度服務。 東鐵線港島 之尖東站直式站牌亦港鐵化，唯羅湖站於2013年5月初才後期加設直式站牌，落馬洲站則在2015年2月17日才更換。 另外，落馬洲站站牌底部印有「往羅湖乘客 請在上水站轉車」及其英文。 港鐵在2012年12月14日批出沙 中綫37列新列車及訊號系統採購合約。
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據當時報章報道，在1977年有10人死於火車意外，25人受傷；在1978年的9個月內，有4人被柴油火車輾斃，其中3宗在沙田發生。 隨着1970年代末新界東部多個大型新市鎮急速發展，人口增長迅猛，老舊的柴油火車服務已經無法滿足需求，再加上舊式鐵路的安全問題，火車電氣化已經逼在眉睫。 2014年8月20日早上約9時50分，一隻啡黃色的中型唐狗突然闖入上水站南行路軌，當時有乘客發現後即通知車站職員。
及後，港鐵調查發現此次故障源於訊號系統發出有問題指令，估計屬軟件運作有問題，已要求承辦商加強系統軟件穩定性和盡快完成新軟件測試，不過新軟件最快要1至2個月後才可投入應用。 第一期電氣化在1982年5月6日通車，來往九龍車站（現紅磡站）及沙田車站，鐵路服務正式走入新時代。 1983年4月7日，符合電氣化規格的全新大埔墟車站啟用，大學車站亦緊接於4月26日完成翻新。 來往沙田車站至大埔墟車站的第二期電氣化工程於1983年4月26日完成，大埔滘車站在當日起永久停用。 東鐵線港島 和合石支線於當年清明節提供服務後停辦，而粉嶺車站及上水車站亦先後於5月12日及6月1日完成電氣化。 至於舊大埔墟車站，在1985年12月20日改建為香港鐵路博物館。 當東鐵線延伸過海後，東鐵線乘客毋須轉車便可直達港島，屆時紅磡至金鐘的乘車時間會由現時約18分鐘，縮減至約5分鐘。