有見及此，港鐵亦於本站增派保安人員駐守，以防「水貨客」逃票及影響其他使用本站之人士。 港鐵免費接駁巴士只於鐵路事故期間提供服務，詳情可留意港鐵公布，或站內告示。 如欲查閱此站附近前往各港鐵車站的公共交通工具資料，可參考「乘車應變錦囊」，或瀏覽運輸署網頁。 粉嶺站設有4個出口，其中A、B出口皆連接車站一樓新、舊大堂。 另外，往金鐘的2號月台則另設C出口及大堂，連接粉嶺車站路，方便乘客由小巴經地面層直接入站，轉乘東鐵綫前往九龍。
- 若12歲以下合資格殘疾人士及65歲或以上長者正價車費折半後之優惠票價低於$2.0，受惠人士只需支付該原來優惠票價；若60至64歲香港居民或合資格殘疾人士的原來全費票價已低於$2.0，受惠人士亦只需支付原來的全費票價。
- 自2003年「自由行」政策實施以來，此站成為不少攜帶「水貨」往來中國及香港的乘客（即「水貨客」）聚集的熱點。
- 本條目列出之行車路線及停站只屬常見安排，僅作參考用途，司機可因應任何情況隨時更改路線及分站。
- 香港特別行政區政府運輸署，〈九巴第261號線(三聖-粉嶺(祥華))延長行車路線 （頁面存檔備份，存於互聯網檔案館）〉［交通通告］，2019年9月26日。
- 市區的士和新界的士都可以在落馬洲支線管制站的公共運輸交匯處提供服務。
- 其特別路線279B線由粉嶺（聯和墟）單向開往葵興站，途經天平邨一帶及上水後經大欖隧道直達葵芳，祇於星期一至五上午繁忙時間提供服務。
可是，自從增設直接往返上水及天水圍的276A線，以及途經落馬洲但同樣不入元朗市的276B線後，行經元朗的定線未能吸引天水圍南的乘客，此路線後來和B1線交換總站後更會於該區出現吉車遊街的狀況。 不過於2019年將服務範圍擴展至洪水橋，成功開拓洪水橋客流，同時填補261P線服務時間以外往返洪水橋及上水的不足。 」個人八達通卡的全日制學生憑該張八達通於同一天內乘搭此路線兩個不同方向；或乘搭978A／978B線及此路線往北區方向，第二程可享有半價折扣優惠，惟兩程之間不可使用該張八達通進行超過九次金錢交易。 934、934A及935線轉乘968，960及961系列路線之間，968及978系列路線之間，以及930、952、962、967及969系列路線之間亦設有額外轉乘優惠，詳情請參與各路線之條目；該等優惠只適用於港島區或新界區轉車，於西區海底隧道收費廣場轉車不能享有免費轉乘。 678線只於星期一至五早上及下午繁忙時間分別提供往港島及往北區方向之服務，屬取道粉嶺公路、吐露港公路、大老山隧道及東區海底隧道往返兩地之特快路線，亦為自1997年西區海底隧道通車後，再度出現全新開辦而非由原有路線重組而成的聯營過海路線。 此外，678線亦為城巴首條服務北區的專營巴士路線，使城巴的專營服務範圍遍佈全港十八區。
上水去粉嶺火車: 同一巴士本線半年內出兩車禍
舊大堂部分舊大堂部分位於A、B出口北面，為1980年代九廣鐵路電氣化所建成的本站建築物之一部份。 現時，本大堂設有客務中心（非收費區）、客務中心（收費區）、車站控制室、男／女洗手間（位於收費區內，近閘機）、殘疾人士洗手間（位於非收費區，闊閘機旁邊）及3間非收費區店舖（其中1間為快餐店）。 九龍巴士（一九三三）有限公司，〈978 提早頭班車及修訂行車時間表 上水去粉嶺火車 （頁面存檔備份，存於互聯網檔案館）〉［乘客通告］，2021年7月。
配合沙田至 中環綫工程、東鐵綫更換新列車及為保障候車乘客安全，此站將會加裝1.7米高月台自動閘門，工程現正進行中，預計最快本年內完成。 新月台閘門將會由深圳市方大自動化系統有限公司提供，是港鐵首次採用中國產月台閘門。 兩鐵合併後，港鐵公司為東鐵綫各非過境車站月台進行較低成本的翻新工程，以遮掩東鐵綫車站月台殘舊的觀感。 工程包括重新為各東鐵綫車站配主題色，並加入車站代表植物，為月台橫樑及柱子翻上月台配色的油漆，貼上印有車站主題植物的圖案、車站附近建築物、車站名書法字的牆紙，加設或更換成直立港鐵式站牌、路線圖、指示牌、告示等等。 由本路線於上車後兩小時半內轉乘上述路線，或由上述路線轉乘本路線，第二程可獲 $2.90（普通巴士）/ $3.80（空調巴士）的折扣優惠。
上水去粉嶺火車: 出口數目
第一期電氣化在1982年5月6日通車，來往九龍車站（現紅磡站）及沙田車站，鐵路服務正式走入新時代。 1983年4月7日，符合電氣化規格的全新大埔墟車站啟用，大學車站亦緊接於4月26日完成翻新。 來往沙田車站至大埔墟車站的第二期電氣化工程於1983年4月26日完成，大埔滘車站在當日起永久停用。
如該程之起點及終點均位於九龍或新界，並且不涉及東鐵綫車站則為東鐵綫車程之普通等最低收費（八達通成人車費為$3.8，單程票成人車費為$4.0，小童、長者及殘疾人士為$1.4）。 如果起點或終點其中一方為港島區車站，即車程涉及過海路段，不論起點或終點其中一方是否涉及東鐵綫車站，頭等收費則為金鐘至紅磡 (如另一方向為九龍區、離島區、屯元天、荃葵青或將軍澳) 或金鐘至大圍 上水去粉嶺火車 (如另一方向為屯馬綫顯徑至烏溪沙沿途各站) 之普通等收費。 在1990年代，屯門區及北區並沒有直達交通服務，往往需要先乘搭輕鐵或九巴53線到天水圍、元朗，再轉乘九巴276P/276、76K或77K往上水。
上水去粉嶺火車: 服務演進
此路線其中一輛用車富豪B9TL（AVBWU215／RA472）在2020年兩度行駛往粉嶺（祥華）方向班次時牽涉交通意外：2020年7月4日：早上十一時許，該車在粉嶺公路近新田交匯處因故障而停在路肩，其後九巴拖車赴至協助。 惟尾隨一輛運油車懷疑收掣不及撞向拖車，並將其推前撞及巴士，意外中3人受傷。 2013年8月17日：北區區域性巴士路線重組第一階段實施，增設新運路「上水鐵路站」站往上水（天平）之分段收費。 上水去粉嶺火車 元朗區區議會交通及運輸委員會，〈九巴於屯門及元朗區內增設短程分段收費的車資優惠〉（傳閱文件第35/2020號），2020年7月29日。
屏廈路近坑尾村一段路面狹窄，令客量早已飽和的276線（天瑞上水）不適宜雙層空調巴士行走。 九巴因此開辦輔助路線276P，起訖點與主路線相同而不經屏廈路；上水方向改經天福路、朗天路、宏達路及媽橫路直接往青山公路 – 屏山段，而往天瑞方向則改經朗天路、唐人新村交匯處、朗天路及天福路往天耀路。 上水去粉嶺火車 轉乘優惠不適用於十二歲以下小童及六十五歲或以上之長者，或已享有長者及合資格殘疾人士公共交通票價優惠計劃的乘客。
上水去粉嶺火車: 行車路線
2007年8月15日，連接上水車站至落馬洲站的落馬洲支綫通車，方便市民使用新落成的落馬洲支線管制站及深圳福田口岸，同時減輕羅湖車站負荷。 總站又再重回尖沙咀，新設的尖東站設有行人隧道連接地鐵尖沙咀站以便轉乘荃灣綫；馬鞍山鐵路（原馬鞍山綫）緊接於12月21日啟用。 來往大埔墟車站至羅湖車站的電氣化鐵路於1983年7月15日啟用，亦象徵九廣鐵路（英段）全線電氣化工程正式完成。 一個月後，九廣鐵路（英段）增設大圍臨時車站（俗稱「木頭站」），以分流沙田車站客量，而火炭車站在1985年2月15日啟用。 ，九廣鐵路局耗資4億港元展開英段雙軌化工程，向日本近畿車輛購買40輛客車，其中11輛頭等卡及29輛普通卡，以提升運載量，取代28輛戰前客車，而在同年開始亦把二等和三等車廂合併成為普通卡，同時把九龍總站由尖沙咀海旁遷至紅磡。 英方撤軍時，由一列運送炸藥的火車埋下炸藥，將大部分橋樑及大埔隧道、筆架山隧道炸毀。
其後為進行全線電氣化工程，於1983年1月31日將此站的上下行方向調換，由上行改為使用下行月台。 上水車站於1983年6月1日完成電氣化工程，同年7月15日，九廣鐵路（英段）全線完成電氣化。 1978年，九廣鐵路（英段）開始了全線現代化及電氣化計劃，其中上水車站興建一條側線及在車站西面增建月台，以改善班次的正點率。 上水站主大堂位於月台上層（U1），已入閘區居中，將非付費區分為A出口及B／E出口兩部分，兩者之間以大堂向新運路一邊外圍的行人天橋連接。 兩邊月台近上行端各設一小型大堂，同層連接月台與對開之路面，分別是1號月台（往羅湖／落馬洲）經C出口連接彩園路的北行綫入口大堂（upline plaza），以及新運路經D出口連接2號月台（往金鐘）的南行綫入口大堂（downline plaza）。 本路線的前身 19 是於1968年1月27日起投入服務，以配合獅子山隧道通車，1973年7月16日九巴重組路線編號改稱 70，並繞經聯和墟，是少數早期實施一人收費的巴士路線之一。
上水去粉嶺火車: 服務沿革
日方於1944年1月8日完成修理整段九廣鐵路，重新復辦來往九龍及廣州的直通車。 香港特別行政區政府運輸署，〈九巴第261號線(三聖-粉嶺(祥華))延長行車路線 （頁面存檔備份，存於互聯網檔案館）〉［交通通告］，2019年9月26日。 五個月後，上述同一巴士在同年12月8日行走本線往祥華邨時，於新田公路近壆圍收掣不及，撞向一輛貨櫃車的車尾。 事件造成九名乘客受傷，貨櫃車司機及肇事巴士司機則安然無恙。
發生供電故障，期間紅磡站來往沙田站列車服務一度暫停，而其餘各站則只能提供有限度服務。 東鐵綫大部分車站月台不裝設月台安全門，遂成不少尋死者熱門自殺地點，往往造成列車服務延誤及人命傷亡，故港鐵自2014年起與與撒瑪利亞防止自殺會合作，為站員提供培訓及技巧，應對類似的突發事件，不久延伸至站務助理及附例特檢隊成員，參與者合計至少67人。 2022年3月，港鐵陸續提升東鐵綫12個現有車站的月台面貌及設施、美化月台牆身，以及提升照明和通風系統，讓乘客在過海段通車前率先感受更好的乘車體驗。 上水去粉嶺火車 全新設計的東鐵綫車站月台牆身圖案，將融入更多港鐵風格，如經典的馬賽克紙皮石元素，以及退休港鐵建築設計師區傑棠先生揮毫的站名書法字等，設計將與其他港鐵站更一致。 新的月台牆身設計亦會包括相關車站附近地標的圖案及車站的舊照片，加強車站與社區連繫之餘，亦有助乘客更容易辨認所在車站。
上水去粉嶺火車: 服務時間
九龍巴士（一九三三）有限公司，〈配合會展香港書展 978(往華明)延長服務時間〉［乘客通告］，2016年7月19日。 此轉乘優惠只限轉乘相同方向的九巴路線，且並不適用於轉乘同一路線或以「／」劃分的組別路線，以及各日間路線南行方向轉乘通宵路線南行方向，亦不可與68E線的即日來回優惠及5M／33／33B／68／68F線的轉乘優惠兼用。 注意事項：乘客須使用同一張八達通卡／信用卡或同一流動支付工具帳戶（「e度嘟」電子支付系統）享用轉乘優惠。 九龍巴士（一九三三）有限公司，〈九巴30條過海隧巴路線在過海後新增分段收費的試驗計劃〉［新聞稿］，2017年9月15日。 運輸署其後修改建議，改以銅鑼灣（天后）為港島端總站，並擬於北區區域性巴士路線重組中的第三階段重組時開辦；不過由於城巴有意加入經營，因此當局曾一度擱置計劃，以便決定用聯營或投標方式決定營辦者，當時預計於2013年第四季開辦。
乘客需使用同一張八達通卡／信用卡或同一流動支付工具帳戶（九巴／龍運「e度嘟」電子支付系統）享用轉乘優惠。 乘客需於2.5小時內使用同一張八達通卡／信用卡或同一流動支付工具帳戶（九巴／龍運「e度嘟」電子支付系統）享用轉乘優惠。 251A、251B、251C及N269線的轉乘優惠只限於由該等路線轉乘至其他路線，前三者須步行前往大欖隧道轉車站轉乘。 城巴有限公司、新世界第一巴士服務有限公司，〈新巴城巴31條隧道路線新增過海後分段收費 第二階段試驗計劃〉［新聞稿］，2017年9月15日。 九巴獨營路線間轉乘不限地點，373與673系間之大老山隧道轉乘優惠可於東區海底隧道享用；679與682系間之轉乘優惠亦可於大老山隧道收費廣場享用。 乘客須使用同一張八達通卡、信用卡或同一流動支付工具帳戶（九巴／龍運「e度嘟」電子支付系統）繳付車資並轉乘，方可享用轉乘優惠。
上水去粉嶺火車: 水上運動及康樂主題區 | 水上單車 | 灣仔海濱長廊 (附泊車資訊)
2021年12月13日：晨早特別路線279B開辦，由粉嶺（聯和墟）單向開往葵興站，途經天平邨一帶及上水後經大欖隧道直達葵芳，只限星期一至五早上繁忙時間服務。 其特別路線279B線由粉嶺（聯和墟）單向開往葵興站，途經天平邨一帶及上水後經大欖隧道直達葵芳，祇於星期一至五上午繁忙時間提供服務。 替代线路278X、279X九龍巴士279X線是香港一條日間巴士路線，來往粉嶺（聯和墟）及青衣站，途經粉嶺南、上水及大欖隧道。
現時此路線共獲派15輛Enviro500 MMC（7輛12米ATENU、5輛12.8米3ATENU、3輛12.8米E6X）雙層巴士作掛牌車。 如要查詢路線的掛牌車輛調動，請參考hk2007.buscess網站中的詳細資料。
上水去粉嶺火車: 車站主題
1913年，大埔墟旗站改為正式車站，大埔墟車站全面啟用。 1914年3月1日，九龍車站（尖沙咀火車站）正式動工，整個車站亦於1916年3月28日全面啟用。 1921年6月13日，紅磡臨時車站停用，並於其後拆卸，原址則發展為編組站，調度場及車廠。 1930年5月16日，九廣鐵路（英段）增設上水車站，進一步吸納上水石湖墟市的客源。 上水去粉嶺火車 使用頭等服務，單程票使用者須在東鐵綫車站的售票機、客務中心、自助客務機購買頭等車票，八達通使用者則須在月台上或列車頭等車廂的分隔門之頭等核准機作確認，車票二維碼使用者則須選擇指定頭等車票二維碼。
上水去粉嶺火車: 八達通轉乘優惠
有見及此，運輸署在261R線開辦後不久，即與九巴商討將該線提升為每日行走的261線，並將票價由$16.8減至$10。 有關方案惹來小巴44線營辦商馬亞木旗下運泰實業強烈反對，認為九巴當初預期客量不足，拒絕開辦巴士路線往返屯門至北區，當局遂批出專綫小巴路線取而代之。 小巴服務茁壯成長，客量持續高企，當局卻引入專營巴士作直接競爭，有過橋抽板之嫌；而且261線建議車費低於小巴票價（$13），業界擔心客源遭掠奪，影響二百多名司機生計。 屯門區議會審議261R線提升服務議案時，嚴厲讉責九巴之舉乃「漠視市民真正需要」，並斥責運輸署諮詢過程黑箱作業，要求暫緩開辦261線。 12歲以下小童優惠額折半計算；受惠於長者及合資格殘疾人士公共交通票價優惠計劃的乘客則第二程車費為以上第二程優惠車費（如為長者或12歲以下合資格殘疾人士則折半）與$2.0中的較低者，故或有部份轉乘組合變相沒有轉乘優惠。
上水去粉嶺火車: 車站象徵
2021年：早上最繁忙一小時最繁忙路段為沙田至大圍，載客率以每平方米6人計算為58%，每平方米4人計算約41%。 上水去粉嶺火車 過海段通車後，更有傳媒報道乘客候車時間延長且車廂擁擠不堪的情況惡化，甚至出現不少乘客寧願多付車資乘坐頭等令頭等車廂出現沙甸魚的情況。 2017年起，增設「東鐵關愛小隊」，增派額外人手擔任小隊成員，負責在東鐵綫各站巡邏留意行為異常的乘客並阻截他們跳軌，及在需要時提供支援。 在小隊成立1個月內，合共5宗懷疑跳軌個案中已有3宗由港鐵職員介入，成功阻止乘客自殺。
上水去粉嶺火車: 上水站
不過此線可透過與多條北區區內線線設有的八達通轉乘優惠吸引轉車客，加上小巴載客量有限，經常客滿，此路線亦可擔任輔助角色，吸引在屯門市中心一帶無法登上小巴的乘客；自從延長至粉嶺後，也進一步吸納粉嶺來往屯門的乘客。 12歲以下小童優惠額折半計算；受惠於長者及合資格殘疾人士公共交通票價優惠計劃的乘客則第二程車費為以上第二程優惠車費（如為65歲或以上長者或12歲以下合資格殘疾人士則折半）與$2.0中的較低者，故或有部份轉乘組合變相沒有轉乘優惠。 學生乘搭第二程279X線轉乘元朗區路線時，由於279X線車費可享半價優惠，但回贈作成人車資計算，故此學生全程費用比小童全程費用低。 為配合香港迪士尼樂園開幕，九廣鐵路公司在2005年9月推出「九鐵快線 － 迪士尼樂園」服務，是來往羅湖車站（及後來啟用的落馬洲站）與迪士尼樂園之過境旅客鐵路巴士聯運服務，乘客於九廣東鐵羅湖車站或落馬洲站登車，然後在上水車站轉乘豪華巴士前往迪士尼樂園，全程約需1小時。 有關路線已於2007年11月起停辦，因大欖隧道直達較轉乘快數倍。 上水站是東鐵綫的中途站，乘客可在此站乘搭羅湖、落馬洲或金鐘方向列車，往返粉嶺、大埔、沙田、九龍中部及港島北岸等地，或過境往深圳市。
65歲或以上長者使用長者八達通或個人八達通（包括「樂悠咭」）及合資格殘疾人士使用「殘疾人士身分」個人八達通乘搭機場快綫，有關車程將收取成人八達通車費；而往返羅湖站及落馬洲站的車程及東鐵綫頭等額外費。 乘客使用同一張八達通卡於90分鐘內乘搭專線小巴轉乘港鐵，或者港鐵轉乘專線小巴路線，可享有0.3元轉乘優惠。 自廣深港高速鐵路通車後，城際直通車客量下跌，港鐵由2019年7月10日開始，每日減少3對來往紅磡站及廣州東站的廣九直通車，原有每日一班由紅磡站前往佛山站的城際直通車，改以廣州東站為終點站。 由於東鐵綫與城際直通車服務共用路軌，調整城際直通車班次可令東鐵綫班次更平均，故7月10日起平日早上8至9時，加開一班由羅湖往紅磡，以及兩班由紅磡分別開往羅湖及落馬洲的列車，預計平日早上繁忙時段平均候車時間，可縮短4%至10%。
由2019年9月30日起，本線延長至粉嶺，成功吸納粉嶺及聯和墟來往屯門的乘客。 九龍巴士261線是香港一條新界巴士路線，來往屯門（三聖邨）及粉嶺（祥華），途經安定邨、華都花園、新墟、景峰花園、兆康站、嶺南大學、富泰邨、上水站、天平邨及聯和墟，是首條來往屯門區及北區的全日專營巴士路線，也是唯一來往屯門區至粉嶺的全日巴士線。 2011年9月20日：早上約十時，一名新入職的女車長駕駛一輛富豪奧林比安（AV436／HT1292）行走此路線往天平邨方向時，誤將巴士駛入藍地大街及福亨村里，恰巧有任職東方報業集團之記者為肇事班次之座上客，因此此事遭該集團旗下報章大篇幅報道。 該車長於翌日駕駛同一路線時卻再次行錯路，並再遭有關報章跟進報道。 有關此事之詳情及網民對此事之反應，詳見香港網絡大典條目九巴261線行錯路事件。
上水去粉嶺火車: 港鐵路綫圖
月台上的支柱及喉管等也會髹上新油漆，令整體候車環境更整潔美觀。 另外，港鐵會於多個月台提升設施，包括在適當位置加設冷風系統、更換及加強清潔現時的風扇外罩，並且加強月台不同位置的照明，務求為乘客提供潔淨明亮及舒適的乘車環境。 過海段於2022年1月31日正式移交港鐵公司前線營運部門（香港客運服務 Hong Kong Transport Services）管理並踏入試營運階段，日常行車時間期間之試車亦緊接於翌日開展，並預計於6月至7月期間正式通車。 合併初期，港鐵仍有使用千九列車標誌，只將九鐵標誌刪除；而路綫顔色也因避免與前地鐵港島綫重複，由深藍色更改為淺藍色。