後來吳晗和夏鼐認為試掘獻陵對長陵的發掘參考價值不大，吳晗提議試掘永陵，遭夏鼐強烈反對，認為這與發掘長陵無異；試掘思陵，吳晗認為太小，是妃子墓改建。 楊仕、岳南合著的《定陵地下玄宮洞開記》認為，吳晗和夏鼐想到定陵的原因有二，「第一，定陵是十三陵中營建年代較晚的一個，地面建築保存得比較完整，將來修復起來也容易些。第二，萬曆是明朝統治時間最長的一個，做了48年皇帝，可能史料會多一些。」 飛鵝山樓盤 定陵的開挖始末，《風雪定陵》一書有詳細的介紹。 此外礦稅之弊，即神宗在位期間的賦稅措施，一般被是認為萬曆中年後弊政的一部分，萬曆擺脫張居正的束縛之後，開始通過向各地徵收礦稅銀的方式，增加內庫的內帑，大多數學者認為這是一項弊政，也有許多的反對意見，認為礦稅也有相當的好處，如礦稅入內帑後大多用於國家救災，餉軍救急等。
報告轉給主管文化工作的國務院副總理陳毅，並呈報國務院總理周恩來。 文化部文物局局長鄭振鐸、中國科學院考古研究所副所長夏鼐得知後認為條件不成熟，強烈反對貿然發掘，高層形成一場爭論。 周恩來向毛澤東作了匯報，毛澤東點頭後，周恩來批下「原則同意」四字。 長陵發掘委員會委員夏鼐負責發掘的技術指導，便讓其學生趙其昌（後任首都博物館館長）做前期調研。 趙其昌帶探工在長陵未找到發掘線索。 在向夏鼐、吳晗等人匯報後，經商討決定先試掘獻陵，積累經驗再發掘長陵。
飛鵝山樓盤: 太監
後來李長祥覽神宗遺事，原來是當年有一人告內官於御史，御史不知道他已經進宮了，即出朱票拿人。 手持朱票去捉人的也不是有經驗的人，直接走到午門去索問。 一眾內官馬上就大怒並把票奪走，走到皇帝面前奏上此事，皇帝說的話就跟老宮女劉氏一模一樣，居然兩事能互相對證。 飛鵝山樓盤 性剛果，萬曆帝倚任非常，但後漸招權受賕，最終得罪寵衰，減死充軍。 1956年5月開始試掘，歷時一年試掘成功，1957年打開玄宮。 其玄宮由前室、中室、後室、左配室、右配室組成，石條起券，前室前面有隧道券，總面積1195平方米，出土文物3000多件。
- 崔瑞德《劍橋中國明代史》：萬曆皇帝聰明而敏銳；他自稱早慧似乎是有根據的。
- 為了應付女真，把努爾哈赤「務期殲滅，以奠封疆」，自萬曆四十六年九月起，朝廷先後三次下令除了畿內八府及貴州以外，加派全國田賦九厘，合共增賦五百二十萬，時稱遼餉，明末三餉之始，而神宗有鑑於地方官員在遼餉外可能會額外徵收火耗剝削百姓，特別下旨嚴禁。
- 明神宗屍骨被發掘後，發現其駝背後左右腳短，但學者認為神宗生前並不適用。
- 萬曆皇帝指揮的萬曆朝鮮之役使朝鮮保全了國家，避免了亡國的巨大危險，儘管朝鮮人對萬曆皇帝有著深厚的感情，但是在朝鮮使臣的記錄中，更多的還是對萬曆帝消極怠政、貪婪奢侈等惡劣行徑的批評。
- 孝靖皇后王氏，光宗朱常洛生母，初封恭妃，後進皇貴妃，崩，諡溫肅端靖純懿皇貴妃，葬天壽山。
- 萬曆十四年群臣上奏請神宗即立常洛為太子，萬曆以常洛尚年幼體虛未定，拖延不決。
乃至神宗在位中期王家屏，王鍚爵輔政期間仍是「面目發腫，行步艱難」，以致連嫡母仁聖皇太后陳氏病逝，一向孝順聞名的神宗也因病動彈不得，只能遣人代理，而遭受到朝臣猛烈的評擊責難，有苦難言，此後神宗病情反復，在萬曆三十年病情之差甚至要一度立下遺旨，向沈一貫託孤。 可見神宗在位期間的「動履不便」「身體虛弱」以致在位期間怠政，實不是推諉託辭。 萬曆四十年（1612年），南京各道御史上疏：「臺省空虛，諸務廢墮，上深居二十餘年，未嘗一接見大臣，天下將有陸沉之憂。」首輔葉向高卻說皇帝一日可接見福王兩次，但明神宗不承認，並表示他已經沒有傳召福王很久了，若真的每日接見，福王出入禁門，隨從這麼多，人所共見，必然耳目難掩。 萬曆四十五年（1617年）十一月，「部、寺大僚十缺六、七，風憲重地空署數年，六科止存四人，十三道止存五人。」而明緬戰爭也因為明朝方面忽視而先勝後敗，被緬甸東吁王朝蠶食孟養在內國土。 明神宗的老師、第一任內閣首輔兼萬曆新政的策劃與執行人張居正過世後第二年，明神宗斥逐馮保，下詔追奪張居正的封號和諡號，並查抄張家，平反劉臺冤案，起用因反對張居正而遭懲處的官員。 萬曆十七年起（1588年），明神宗開始怠慢朝政（一說沉湎於酒色之中，一說是染上鴉片菸癮），萬曆十七年十二月大理寺左評事雒於仁寫《酒色財氣四箴疏》：「皇上之恙，病在酒色財氣也。夫縱酒則潰胃，好色則耗精，貪財則亂神，尚氣則損肝」。 後因立太子的國本之爭與內閣爭執長達十餘年，最後索性三十年不出宮門、不郊、不廟、不朝。 1589年，神宗不再接見朝臣，內閣出現了「人滯於官」和「曹署多空」的現象。 神宗幼年，太后及張居正都希望其成為儒家所倡導的皇帝典範。
他與李長祥講述當年的事情「一天內官（太監）持朱筆寫的傳票給萬曆皇帝看，皇帝看完不說話，太監說：「連皇帝內侍的左右內官都容不下，還敢來捉拿。」皇帝沉默了一回，便回答說：「用朱票捉拿人是巡城御史的職責，怎麼能奪他權柄，阻礙他執法，況且你們一定是幹了些什麼壞事。這事朕不管，人就隨他捉拿吧。」這時候皇帝還不知道當時發生了什麼事。 明朝遺民李長祥在「天問閣集」的「劉宮人傳」中也對萬曆皇帝有過高度評價，甚至認為萬曆皇帝比起東漢光武帝，唐太宗來，品德更在其上。 萬曆十四年三月，一次君臣召對中，因京師陰霾蔽空，皇帝決定減免一些稅賦，並認為或許最近開水田太過擾民，而致上天警示，應當停止，閣臣申時行委婉地說道：「京東地方，田地荒蕪，廢棄可惜，相應開墾。」皇帝復說道：「南方地下，北方地高。南地濕潤，北地鹼燥。且如去歲天旱，井泉都乾竭了。這水田怎能做得？」於是申時行頓時認為聖裁允當，拜首執行。 飛鵝山樓盤 萬曆元年十月八日，是日講的日子，朱翊鈞在文華殿聽張居正進講《帝鑑圖說》。 當張居正講到宋仁宗不喜珠飾，值得效法時，朱翊鈞立即表示同感：「賢臣才是寶，珠玉又有何益！」張居正接著說：「聖明的君主貴五穀而賤珠玉，五穀可以養人，而金玉飢不可食，寒不可衣，《書經》稱不作無益害有益，不貴異物賤用物，道理也就在這裡。」「是啊！宮裡的人喜歡裝飾，我在年賜時每每節省，宮人們都有意見，我說國庫的積蓄又有多少呢？」朱翊鈞又回答說。 張居正便誇獎道「皇上能這樣說，真是社稷生靈的福氣啊！」當時朱翊鈞才不過十歲。
飛鵝山樓盤: 萬曆中興
因為朱常洛是宮女所生，神宗不喜歡他，且有意立愛妃鄭氏所生的朱常洵為太子。 萬曆十四年群臣上奏請神宗即立常洛為太子，萬曆以常洛尚年幼體虛未定，拖延不決。 神宗在位期間，西方傳教士紛紛來華，其中以利瑪竇為代表。
在黃仁宇等的著作中也表達出中國明代中後期，皇帝只是一個牌位，而事實上萬曆的個人行為對基層的國家的習慣軌跡並無大的影響。 黃仁宇在《萬曆十五年》一書將萬曆皇帝的荒怠，聯繫到萬曆皇帝與文官群體在「立儲之爭」觀念上的對抗。 怠政則是萬曆皇帝對文官集團的報復。 馮保：萬曆初年司禮監掌印兼秉筆太監，與張居正合作剷除高拱，助其成為首輔，其人善琴能書，但個性貪婪，後被抄家貶除。 戰爭中，明神宗多有佈置方略，但一直吝惜內庫帑銀，不願撥內帑充餉，直至朝臣再三請求而後才勉強發了帑銀十萬，但其中多黑如漆或脆如土，致使師老餉匱。 飛鵝山樓盤 待四路殞將覆師後，神宗才又警憒振聾，發了近四十萬兩內帑銀解赴遼東，並任用熊廷弼守遼東，並給予其大力支持，屯兵築城，振飭軍備，才稍稍將東北局勢扭轉。 雖然明神宗多年未正式上朝，但大到朝鮮之役，小到順天府祈雨，均由皇帝在內宮作出，並發各部門直接執行。 神宗在軍事上任用幹練將校，先後主持發兵平定了播州（遵義）楊應龍之亂的播州之役、平寧夏哱拜之亂的寧夏之役、抵抗日本豐臣秀吉發兵侵略朝鮮以及奴兒干都司的朝鮮之役，維護了明朝的內部統一及宗主國的權威。
飛鵝山樓盤: 御史拿人
他在位的前十五年被評價「勤於朝政，勵精圖治，大有作為，足以稱道，儼然如一代賢君」。 文獻記載，神宗親政後勵精圖治，虛心納諫，屢蠲賦稅，生活節儉，如僅在萬曆十一年間，蠲免並災傷織造議留就已達銀一百七十六萬一千兩。 北京乾旱，神宗關心民瘓，親自以旱詔中外理冤抑，釋鳳陽輕犯及禁錮年久的犯人。 另親自步行至天壇祈雨，皇上齋戒，親躬步行將近二十里的路程而不乘車輦出，且絲毫沒有因驕陽酷日而為難的樣子，其舉止從容不迫，表現的肅穆得體，百姓能一睹天顏，紛紛舉首加額高呼「聖德爾」，另外又敕六部都察院等曰：「天旱雖由朕不德，亦天下有司貪婪，剝害小民，以致上乾天和，今後宜慎選有司。」蠲天下被災田租一年。 飛鵝山樓盤 靈丘公主朱軒姚（1588－1589），母貴妃鄭氏，於萬曆十六年八月甲午生，萬曆十七年五月庚申薨。 敬妃李氏，原為宮人，初封敬妃，後進皇貴妃。 薨，諡恭順榮莊端靜皇貴妃，葬銀泉山。 南明永曆帝諡曰孝敬恭順榮莊瑞靖敬天光聖太皇太后。
清惠順妃李氏：（?－1623年），萬曆三十二年（1604年）八月冊封順妃。 生有皇幼子朱常溥和皇幼女天台公主朱軒媺（皆早夭，次序不詳）。 天啟三年薨逝，諡號清惠，袝葬銀錢山恭順榮莊端靖皇貴妃旁。 萬曆帝的定陵1958年被發掘，萬曆帝屍骨復原，「生前體形上部為駝背」、左腳略右腳短。 文革時期的1966年8月24日，遺骨被紅衛兵付之一炬。 因此，萬曆皇帝之所以三十年不上朝的原因，有一說是認為自己身形不正，感到自卑，所以不敢見人。 薩爾滸之戰後，遼東失陷，神宗鬱鬱寡歡，焦勞國事。 萬曆四十八年（1620年）四月，皇后王喜姐病逝，明神宗在眾大臣的催促下，已無心思為皇后操辦葬禮。 萬曆中期後雖然不上朝，但是並沒有出現英宗以來的宦官之亂，也沒有外戚干政，也沒有嚴嵩這樣的奸臣，朝內黨爭也有所控制，萬曆對於日軍攻打朝鮮、女真入侵和梃擊案都有迅速的反應，如萬曆二十四年，乾清坤寧兩宮大火，神宗下罪己詔書，表示雖然忽略一般朝政庶務，但還是關心國家大事，而處理政事的主要方法多是在九重宮闕下通過諭旨的形式向下面傳遞，並透過一定的方式控制朝局。 朝鮮使者於《朝天記》、《朝天日記》中記載神宗年輕時儀容莊嚴穩重，額頭廣闊、下巴飽滿，步伐矯健、神采威嚴，目光炯炯有神、舉手投足之間使人敬畏，而帝王氣度更是深不可測，是中外一至認為都有道明君。
後世有說明軍雖均獲勝，但軍費消耗甚鉅，如僅朝鮮一役消耗國庫便高達銀八百八十三萬五千兩，米數十萬斛，對晚明的財政造成重大負擔。 但實際上明代晚期僅對後金的戰事，耗費就高達六千萬兩之巨，遠超三大征，且三大征都是不得不打之戰，如朝鮮一國勢拱神京，地牽關海，薊、遼之外藩，東江之咽噎，一或失守，重險撤焉，如若不打甚至打敗了，明朝都有亡國之危。 而三大徵實際軍費則由內帑和太倉庫銀足額撥發，三大徵結束後，內帑和太倉庫仍有存銀，而面對薩爾滸之戰的大敗，朱翊鈞用熊廷弼守遼東，屯兵築城，才稍稍將東北局勢扭轉。 飛鵝山樓盤 《明光宗實錄》卷二：令旨諭內閣，父皇遺言，爾母皇貴妃鄭氏，侍朕有年，勤勞茂著，進封皇后。 《燃藜室記敘》十七卷：「徵發浙陝湖川貴雲緬南北兵通二十二萬一千五百餘人，往來諸將及任事人三百七十餘員，糧銀五百八十三萬二千餘兩，交易米豆銀三百萬兩，實用本色米數十萬斛，諸將賞銀三千兩，山東糧二十萬斛。 薨，諡恭恪惠榮和靖皇貴妃，葬銀泉山。 南明弘光帝諡曰孝寧溫穆莊惠慈懿憲天裕聖太皇太后。
幼時朱翊鈞就十分聰惠，明穆宗在宮中騎馬時，年幼的朱翊鈞就大叫道「父皇為天下之主，獨騎疾騁，萬一馬驚，卻如何是好？」穆宗聽後歡喜萬分，馬上下馬過來摟朱翊鈞在懷裡褒賞一番。 其母李貴妃教子非常嚴格，每次經筵結束以後，便督促考問他今天所學的內容。 朱翊鈞小時候稍有懈怠，李貴妃就將其召至面前長跪。
如雪片般飛來的痛批奏摺，使神宗倍感壓力，迫於眾議只好不得已收回前命。 直到萬曆二十九年，神宗才立其為皇太子。 做為實際上的長子，父親明穆宗在登基後稱他為「朕元子」。 飛鵝山樓盤 隆慶元年正月十八日（1567年），父親正式起名為朱翊鈞，意思是「夫鈞者，言聖王制馭天下猶制器者之轉鈞也，其為義大矣」。 隆慶二年（1568年），他被立為皇太子。
臨終前遺詔指出大臣應勉以用心辦事，以及廢礦稅，起用建言而得罪的官員，並要求冊封鄭皇貴妃為皇后等。 此時東北女真族興起，成為日後明朝的隱患。 萬曆四十六年（1618年）四月十三日，女真酋長努爾哈赤自稱「覆育列國英明汗」，湊「七大恨」，以掀起叛亂，並僭稱國號為後金。 四十六年四月，女真兵克撫順，殺死遼東總兵官張承胤，朝野震驚。 為了應付女真，把努爾哈赤「務期殲滅，以奠封疆」，自萬曆四十六年九月起，朝廷先後三次下令除了畿內八府及貴州以外，加派全國田賦九厘，合共增賦五百二十萬，時稱遼餉，明末三餉之始，而神宗有鑑於地方官員在遼餉外可能會額外徵收火耗剝削百姓，特別下旨嚴禁。
樊樹志的《萬曆傳》考究裏，中允地解釋了明神宗怠政原因，源於健康狀況惡化非子虛烏有，追溯萬曆十四年九月十八日以後，皇帝因病免朝，言「頭昏眼黑，力乏不興」。 學者曹國慶認為萬曆帝患有齲齒、牙周病和氟牙症等多種牙科疾病，頜骨發育不良，面部凹陷而左右兩側不對稱。 對祭享太廟活動也只能權讓勛貴代理，並無奈地說道「非朕敢偷逸，恐弗成禮」，後來又遣內使對內閣傳諭「聖體連日動火，時作眩暈」，「聖體偶因動火，服涼藥過多，下注於足，搔破貼藥，朝講暫免。」與定陵發掘後查證神宗左足有疾互相引證。 飛鵝山樓盤 且當萬曆十五年三月初六，聖體初安以後，神宗旋即上朝聽政，隨後又與三輔臣見面，並打招呼說「朕偶有微疾，不得出朝，先生每憂心。」十六年二月初一又如常參與文華殿經筵，並興致勃勃地與閣臣討論《貞觀政要》，唐太宗與魏徵。