為加強對烏思藏（今西藏）地區的控制，朱棣派遣官吏迎番僧入京，給予封賜，尊為帝師。 不過，史學界對明朝是否實際統治了西藏存在較大的爭議。 明成祖对各地方官吏要求极为严格，要求凡地方官吏必须深入了解民情，随时向朝廷反映民间疾苦。 永乐十年(1412年)，朱棣命令入朝觐见的地方官吏五百余人各自陈述当地的民情，还规定“不言者罪之，言有不当者勿问’。 之后，永乐帝宣布“谕户部，凡郡县有司及朝使目击民艰不言者，悉逮治。 ”即地方官或中央派出的民情观察员，如果看到民间疾苦而不实报的，要逮捕法办。 对民间发生了灾情，地方上要及时赈济，做到“水旱朝告夕振，无有雍塞”。 通过这些措施，永乐时“赋入盈羡”，达到有明一代最高峰，史称永乐盛世。 在政治上，明成祖继续实行太祖的徙富民政策，以加强对豪强地主的控制。
建文四年六月廿五，明成祖誅殺齊泰、黃子澄、方孝孺等建文帝大臣（幾乎都是文官），滅其族，史稱壬午殉難。 其中據清修《明史》、明遺民談遷所著《國榷》、明朝官方史書《明實錄熹宗實錄》記載，方孝孺被誅十族（九族加朋友門生），受牽連而死者共873人，充軍等罪者千餘人，當中被救的倖存者有假借余姓逃過一劫的方孝孺的幼子方德宗。 景清降後密謀行刺，事敗，八月十二被殺，滅九族；後屠其家鄉，謂「瓜蔓抄」。 第一，宣稱建文帝朱允炆已自焚身死：建文四年六月十三日，南京城陷時，皇宮大火，馬皇后葬身火海 。
《明史》記載朱元璋前五個兒子、第二女和第四女都是马皇后所生。 根據《明實錄》第四子明太宗（即明成祖）生于至正二十年4月17日，第五子周定王生于至正二十一年7月9日。 縉皇居車位 马皇后這种过于频繁的生育情況歷來都被懷疑，认为五位皇子并非是马皇后所生。 而且明人早就指出“或曰高皇后無子”。
- 對付這種偵察騎兵，最好的方法就是給他一槍，把他打下馬來，然而皇帝陛下的教導始終縈繞在耳邊，無論如何是不能開槍或者射箭的，因為那會讓仁慈的皇帝陛下擔負殺害叔叔的罪名。
- 明成祖很重视河工，永乐九年（1411年）朱棣於疏浚會通河為保證北京糧食與各項物資的需要。
- 不过，他也有黑暗面，特征就是不必要又未经思考的侵犯性，而这类侵犯性经常产生了暴虐和消耗”。
- 宣宗考慮到「數年以來，一方不靖，屢勤王師」， 便允許撤兵。
- 《明太宗實錄》卷八：書至，建文君以示方孝孺。
明军在永乐八年（1410年）第一次出征鞑靼后，瓦剌部趁机迅速发展壮大，1413年，瓦剌军进驻胪朐河（今克鲁伦河），窥视中原。 明成祖决心再次亲征，调集兵力，筹集粮饷。 縉皇居車位 此役，瓦剌受到了重创，此后多年不敢犯边，同时，明军也伤亡惨重。 安南内属后，安南人民不断进行反抗，明军多次进行镇压。
郑和命哈芝黄达京掌管占婆华人回教徒。 首次繞過阿拉伯半島，航行東非麻林迪（肯尼亚），永乐十三年七月初八（1415年8月12日）回国。 同年11月，麻林迪特使來中國進獻“麒麟”（即長頸鹿）。 满剌加当时是暹罗属国，正使郑和奉帝命招敕，赐双台银印，冠带袍服，建碑封域为满剌加国，暹罗不敢扰。 縉皇居車位 满剌加九洲山盛产沉香，黄熟香；太监郑和等差官兵入山采香，得直径八九尺，长八九丈的标本6株。 永乐七年，皇上命正使太监郑和等赍捧诏敕金银供器等到锡兰山寺布施，并建立《布施锡兰山佛寺碑》此碑現存于科倫坡博物館。
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上曰：「彼亂而囂，可擊也。」以精騎先進，連破其七營，諸軍繼之交戰，自午至酉，上益張奇兵，左右衝擊，大敗景隆兵，斬首數萬級，降者數萬，悉縱遣之。 《明太宗實錄》卷五：庚午，師至孤山，訊知李景隆軍鄭村壩。 我邏騎至白河，還言河水流澌，兵不可度，又聞景隆列陣于白河西。 上默禱曰：「天若助予，則河冰合。」是夜，起營。 縉皇居車位 《明通鑑》卷十二：壬寅，燕師至大寧。 王單騎入城，詭言窮蹙求救，執寧王手大慟。 時北平銳卒伏城外，吏士得稍稍入城，陰結三衛部長及戍卒。 己酉，燕王辭去，寧王祖之郊外，伏兵起，擁寧王行，三衛彍騎及諸戍卒一呼畢集。 守將朱鑑不能禦，力戰死，寧府長史石撰不屈死。
建文二年十月，朱棣決定再度南下，十月廿七到達滄州。 燕軍僅用兩天就攻下滄州，徐凱等投降。 燕軍自長蘆渡河，十一月初四到達德州。 燕軍從館陶渡河，先後到達東阿、東平，威脅南方，迫使盛庸南下。 朱棣仍然親自率軍衝鋒，盛庸開陣將朱棣誘入，然後合圍，張玉被中央軍包圍戰死。
郑和访问锡兰山国时，锡兰山国王亞烈苦奈兒“負固不恭，謀害舟師”，被郑和觉察，离开锡兰山前往他国。 回程时再次访问锡兰山国，亚烈苦奈儿诱骗郑和到国中，发兵五万围攻郑和船队，又伐木阻断郑和归路。 郑和趁贼兵倾巢而出，国中空虚，带领随从二千官兵，取小道出其不意突袭亚烈苦奈儿王城，破城而入，生擒亚烈苦奈儿并家属。 縉皇居車位 永乐十二年（1414年），儒林郎翰林院修撰沈度作《瑞应麒麟图》，描绘1414年郑和下西洋时榜葛剌国进贡的麒麟。
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他善利用宦官出使、专征、监军、分镇、刺臣民隐事。 周、齐、代、岷诸王再次遭到削夺；迁宁王于南昌；徙谷王于长沙，旋废为庶人；削辽王护卫。 明成祖登基后不承認建文年號，七月初一（一說六月十八日），將建文元、二、三、四年改為洪武三十二至三十五年，次年改元永乐元年。 凡建文年間貶斥的官員，一律恢復職務（如靖難初期因離間被貶的江陰侯吳高被再次起用，守大同）；建文年間的各項改革一律取消；建文年間制定的各項法律規定，凡與太祖相悖的，一律廢除。
永乐十九年正月三十日（1421年3月3日），郑和奉明成祖命出发，往榜葛剌（孟加拉），史載“於鎮東洋中，官舟遭大風，掀翻欲溺，舟中喧泣，急叩神求佑，言未畢，……風恬浪靜”，中道返回，永乐二十年八月十八（1422年9月2日）回国。 永樂二十二年，明成祖去世，仁宗朱高熾即位，以經濟空虛，下令停止下西洋的行動。 明成祖很重视河工，永乐九年（1411年）朱棣於疏浚會通河為保證北京糧食與各項物資的需要。 漕運在元朝至元年間即有，然而卻因會通河一段水淺而無法大量載運物資，於是元朝均以海運為主。 縉皇居車位 明朝初期，傳餉遼東、北平的途徑也均以海運為主。 洪武二十四年，黃河在原武絕口，會通河於是被淤。 建文四年七月十七日，朱棣登基即位，改元永樂，時年四十二歲，是為明成祖 。 明成祖重建奉天殿（舊殿被朱允炆所焚），刻玉璽。 同年十一月十三日，封王妃徐氏為皇后。 《明太宗實錄》卷九下：己巳，上謁孝陵，欷歔感慕，悲不能止。
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燕將譚淵，從中軍望見塵起，遽出兵逆擊之。 都指揮莊得，率眾殊死戰，遂合庸軍，斬淵及其部下董真保於陣。 燕王與朱能、張武等，復以勁騎繞出南軍背，乘暮掩擊，莊得陷陣死，又殺楚智、張皂旗。 《明通鑑》卷十二：比王入門中，人呼千歲，鐵板下稍急，傷燕王馬首。 伏發，橋倉猝不可斷，王鞭馬自橋逸去，憤甚，復設長圍攻之。 鉉隨宜守禦，燕師持久頓城下者凡三閱月，卒不能下。 縉皇居車位 於是二人皆以聞於朝，朝廷果疑吳高，削其爵，徙廣西，獨命楊文守遼東。 由是兵無紀律，人懷疑貳，不敢數出矣。 《明太宗實錄》卷五：諜報景隆馭軍嚴刻，士卒多躡履執戟，盡夜立雪中，不得息，凍死及墮指者甚眾，臨戰率不能執兵。 上曰：「違天時以自敝，可不勞而勝之。」乃率諸軍列陣而進，遙望敵軍讙動。
永乐六年正月，明成祖命工部造宝船四十八艘。 永乐六年九月十三日（1407年10月13日），命太监郑和、王景弘，王贵通等出使古里，满剌加，苏门答剌，阿鲁，加异勒，爪哇，暹罗，占城，柯枝，阿拔把丹，小柯兰，南巫里，甘巴里等国，赐其国王锦绮纱罗，永乐七年夏（1409年）回国。 第二次下西洋人数据载有27000人。 时西爪哇与东爪哇内战，西爪哇灭东爪哇，西爪哇兵杀郑和士兵170人，西王畏惧，献黄金6万两，补偿郑和死难士兵。 随后到三佛齐旧港，时旧港广东侨领施进卿来报，海盗陈祖义凶横，郑和兴兵剿灭贼党五千多人，烧贼船十艘，获贼船五艘，生擒海盗陈祖义等三贼首。 郑和船队后到过苏门答腊、满刺加、锡兰、古里等国家。 在古里赐其王国王诰命银印，并起建碑亭，立石碑“去中国十万余里，民物咸若，熙嗥同风，刻石于兹，永示万世”。 在政治稳定、经济繁荣、边疆稳定的局面下，为整理知识，明成祖令解縉等人修书。 編撰宗旨：「凡书契以來经史子集百家之书，至於天文、地志、阴阳、医卜、僧道、技艺之言，备辑为一书，毋厌浩繁！」，召集一百四十七人，首次成书于永乐二年（1404年），初名《文献集成》；明成祖過目後認為「所纂尚多未備」，不甚滿意。 西北边疆，永乐四年（1406年）設立哈密衛。
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此前，察合台的后裔肃王兀纳失里於明洪武十三年（1380年），开始向明朝纳贡，被明太祖封为哈密国王。 其子脱脱向明成祖朝贡，永乐四年（1406年）三月，明成祖宣布设立哈密卫，以其头目马哈麻火者等为指挥、千百户等官，又以周安为忠顺王长史，刘行为纪善，辅导。 之后，哈密国成为设有明朝羁縻卫所的王国，忠顺王是哈密国王，哈密卫指挥使掌握哈密兵权，另有汉人长史。 东北边疆，永乐七年（1409年）在女真地區，設立奴儿干都司。 縉皇居車位 明成祖永乐元年（1403年）派邢枢等传谕奴儿干，正式招抚诸部，擴大明朝東疆。 永乐二年（1404年），置奴儿干等卫所，其后在当地相继建卫所达一百三十餘。 永乐七年（1409年）明政府设置奴儿干都指挥使司管辖奴儿干地区的所有军事建制机构。 永乐九年（1411年）正式开始行政管辖权。 都司的主要官员初为派駐數年而輪調的流官，后为當地部落領袖所世袭。
擊敗平安後，燕軍南下，先後經過順德、廣平、大名，并駐紮於大名。 朱棣與姚廣孝商議，姚廣孝強烈支持再次出兵。 三月二十日，燕軍探知盛庸在夾河（今河北省衡水市武邑縣附近，漳河支流）駐紮，於是駐紮在距對方四十里的地方。 朱棣率領一萬騎兵和五千步兵攻擊盛庸軍左翼，不能入。 此時燕將譚淵望見已經開戰，於是主動出兵攻打。 朱棣、朱能等則趁中央軍調動產生的混亂，趁暮色向中央軍後方猛攻，斬殺莊得。 此戰殺傷相當，但燕軍損失了大將譚淵。