最初，共修地在勸募成員家中，隨著人數增長，於是透過當時法鼓山台南念佛會會長顏淨一居士的協助，借用台南府前路的「德化堂」為共修處，此後在1991年7月1日成為法鼓山「台南辦事處」的所在地。 法鼓山logo 1993年5月遷移至南門路上，1998年4月購得台南市西門路上一處房舍，「台南分院」自此成立。 1998年11月22日新道場正式灑淨啟用，翌年三月舉行開光，開啟了台南地區弘法的新歷程。 現在以舉辦各種共修活動，如佛一、佛二、佛三，菩薩戒誦戒會、地藏法會、大悲懺法會，舉辦法器練習、讀書會、佛學講座、兒童讀經班、小法鼓兒童繪本導讀、生命成長課程、健康講座等。 另外，位於台南市佳里區的「雲集寺」，亦屬於法鼓山台南分院所轄之分寺院。
如《妙法蓮華經》云：「惟願天人尊，轉無上法輪，擊於大法鼓，。」所謂「擊大法鼓」，就是敲響佛法淨化心靈的鼓聲，使人心獲得安樂與平靜。 由於法鼓山的地理形貌，猶如一個縱臥的大鼓，故引經典之喻，取其似鼓之形，「法鼓山」之名遂由此而得也。 然而，农禅寺的拆迁问题一直在宗教及地方人士大力奔走之下，并感念法鼓山早年开山筚路蓝缕之历史过程，为传承市民对于北投农禅寺之集体记忆，促请保留。 因此，台北市政府于2004年7月19日公告登录农禅寺开山时期所建之二层农舍与慈悲门等二处建筑物为本市历史建筑，并建议划设为“保存区”，自此也免于拆迁之命运。 1999年提出“心五四运动”，整合了历年来提出的重要观念与方法，作为廿一世纪人类的生活标竿。
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此外，每年舉辦兩次法會，即七月份為期一個月的地藏法會以及臘月上旬的佛七，提供民眾共修、沈澱身心的機會，也藉此募集資金、物資以供救濟。 1977年12月15日東初老人圓寂，在美國的聖嚴法師承繼老人遺志，立即返台籌組成立「財團法人台北市中華佛教文化館」，並於1978年春召開第一次財團法人董事會成立大會。 1984年文化館開始動工擴建，並於1986年4月19日舉行落成開光典禮。
心五四运动是一项心灵建设工程，是法鼓山为实践四种环保而推出的观念与方法，它将佛法中深奥的名相与学理转化为一般人都能的观念与方法。 总计五大项，每一项内各有四种“心”的观念和方法，因此称之为“心五四”。 四安——安心、安身、安家、安业，为提升人品，建立新秩序主张。 四要—需要的才要、想要的不重要、能要该要的才要、不能要不该要的绝对不要，为面对烦恼，安定人心的主张。 法鼓山logo 四它——面对它、接受它、处理它、放下它，为解决人生困境的主张。
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1975年聖嚴法師獲得日本立正大學文學博士學位，張其昀先生有意敦聘法師前往任教。 1978年，法師應張其昀先生之聘，正式擔任中華學術院佛學研究所所長。 1981年8月招收第一屆學生，1984年由於中國文化學院改制，其所屬的中華學術院佛學研究所停止招生，時任所長的聖嚴法師卻認為雖然停止招生，但佛教的高等教育卻不能停止。 台中分院的缘起于1988年8月，圣严法师在台中信众谢淑琴的邀请下，初次到台中市中兴堂进行为期两天的专题演讲，由于参加民众踊跃，遂发起成立台中分院的愿心。 但直到1991年于台中市才购得一间八十多坪的公寓，4月4日举行落成暨佛像开光典礼，“台中分院”于是成立。 但随着护持人数增加，原有公寓的出入在管理上有所不便，故于1992年10月迁移至柳川东路上，1996年5月再迁移至忠明路上弘法。
然而近來由於參與法鼓山的活動人數不斷增加，現有空間不足，故而規劃中型道場作為弘化、舉辦各項活動使用。 並以佛教經典中經常出現的「精舍」為名，意指為精進修行的地方，藉此提醒四眾以佛法修證為依歸。 目前成立的精舍有：蘭陽精舍 （页面存档备份，存于互联网档案馆）、基隆精舍、中山精舍、三民精舍等。 中華佛研所另為社會人士設立了「佛學教育推廣中心」，並規劃佛學與禪修的研究課程。
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1938年第五代住持江普乾居士因應台灣日治時期之時勢，聲請加入日本曹洞宗聯絡寺廟，並更名為「齋明寺」。 1998年第六代住持江會觀居士期能讓齋明寺革新再造，遂邀聖嚴法師接任住持，將齋明寺回歸正信禪寺。 法鼓山logo 1999年1月22日齋明寺舉行交接儀式，將印信交與聖嚴法師，同年9月11日舉行晉山典禮，正式敦請聖嚴法師為第七任住持，齋明寺至此交由法鼓山管理。 由於齋明寺歷史悠久，加上歷代住持對寺產的愛護，寺中保藏了許多珍貴的文物。 在經書中，以原版拓印的宋磧砂藏經為最；在書畫方面，則保有總統嚴家淦、于右任、梁實秋等人之作品。 齋明寺環境清幽，臨大漢溪，往昔有「崁津歸帆」、「靈塔斜陽」者，並列為大溪八景之二，其古道亦為昔日通往大溪之捷徑，現已成為古蹟巡禮中的重要景點。
時至今日，其不僅是法鼓山的活動核心，更是蘊藏了法鼓人共同的記憶，亦是弘法之重要地點。 法鼓山的重要發源地—農禪寺，是由中華佛教文化館的開山長者東初老人於北投購地一甲所初建，做為文化館的下院。 1971年由東初老人率領弟子開始建造，直至1975年始落成啟用，並以「農禪寺」為名。 創建之初，老人為了效法唐代百丈禪師所創立的叢林制度，期許弟子務農維生、禪修的生活為家風，因此取名為「農禪寺」。
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此一机构主要的活动则是研发、推展各种禅修、佛学教育、关怀弘化等。 译经院结束后，成员之中有人发心出家，“三学研修院”渐而发展为法鼓山“僧团”。 此外，随着“法鼓山世界佛教教育园区”的完工，此一核心组织亦随之搬迁上山。 此單位的主要活動為：舉辦讀書會及讀書會帶領人種子培訓營、安排各地佛學弘講等。
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法鼓山logo: 基金會
并以佛教经典中经常出现的“精舍”为名，意指为精进修行的地方，借此提醒四众以佛法修证为依归。 其后为了进一步落实教育的理念，在同年，法鼓大学筹备处正式成立。 老人圓寂之後，一度停擺了的文化事業，直到聖嚴法師回國後，在方甯書教授的協助下，於1980年5月成立了「東初出版社」，以承續東初老人的文化使命。 出版社成立之後，首先出版了七冊的《東初老人全集》；其他出版物為聖嚴法師編寫的基礎佛教入門書籍，如《正信的佛教》、《學佛群疑》、《戒律學綱要》等。 法鼓山logo 此外，並出版中華佛學研究所的學術論文著作，另一方面也同時出版「佛學小叢刊」與大眾結緣。 1995年7月將東初出版社擴大為「法鼓文化」，朝向多元出版事業發展。
- 最初，共修地在劝募成员家中，随着人数增长，于是透过法鼓山台南念佛会会长颜净一居士的协助，借用台南府前路的“德化堂”为共修处，此后在1991年7月1日成为法鼓山“台南办事处”的所在地。
- 1999年1月22日正式交由法鼓山承接法務，由聖嚴法師為第七任住持。
- 而之前由中華學術院佛學研究所發行之《華岡佛學學報》，自第九期起更名為《中華佛學學報》。
- 1978年，时任住持的圣严法师开始于寺中举办周日讲经法会，并于1979年成立“禅坐会”，1982年成立“念佛会”，周周举办共修，人数最多可达上百人。
- 1997年法鼓山台東辦事處因環境所致而意欲另尋新場所，幸遇信行寺也在尋覓適當接掌者，因而促成了法鼓山台東信行寺的成立。
以举办各种法会共修活动，如念佛、初级禅训班、大悲忏法会、净土忏法会，以及皈依典礼、周日讲经等活动为主。 其主要宗旨为从事佛教教育、文化与社会关怀工作，弘扬正信佛法、汉传佛教精神。 主要的活动项目则是举办各种共修活动，例如地藏法会、千佛忏法会、药师消灾法会、观音法会等。
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1997年法鼓山台東辦事處因環境所致而意欲另尋新場所，幸遇信行寺也在尋覓適當接掌者，因而促成了法鼓山台東信行寺的成立。 1997年12月25日辦事處正式遷至台東縣台東市信行寺，，並持續掌理法務迄今。 齋明寺建寺之初原名為「福份宮」，1873年（清同治12年）第二代住持黃普瑟居士改建瓦茸堂宇，更名為「齋明堂」，法脈轉承齋教龍華法脈。 1926年第四代住持江普梅居士禮福州的鼓山湧泉寺聖恩和尚為師，傳承鼓山曹洞宗的禪學法脈。
雲來寺雖名為寺，但不見飛簷斗栱，而其較具現代感的造型，在台灣所登記的寺院廟中，算是比較少見的一種建築。 1977年12月15日东初老人圆寂，在美国的圣严法师承继老人遗志，立即返台筹组成立“财团法人台北市中华佛教文化馆”，并于1978年春召开第一次财团法人董事会成立大会。 1984年文化馆开始动工扩建，并于1986年4月19日举行落成开光典礼。
法鼓山logo: 台南分院
目前主要以舉辦各種共修活動、菩薩戒誦戒會、地藏法會、大悲懺法會，以及成長營、合唱團、佛學講座與兒童讀經班等為主。 經過了十多年的努力與經營，法鼓山第一期工程終於在2001年正式落成啟用，並將中華佛學研究所、僧伽大學陸續遷入，一步步地將構築中的佛教教育園區具體地呈現在世人面前。 2002年舉行大殿上樑安寶典禮，意寓著園區工程將進入另一個階段。
法鼓山创办人圣严法师说：“法鼓山没有大资金，但产生的影响力却深远广大，这就是我们的特色。 法鼓山为社会带动良好风气，提供有利的修行方法，这是我们的贡献。 ”1989年法鼓山正式揭橥其理念——“提升人的品质，建设人间净土”，此后，便循此主题而举办的各项弘化活动。 1992年提出“心灵环保”之观念，并将该年订定为“心灵环保年”。 1994年提出“四环”观念，所谓的四环即是指：四种环保，是以心灵环保为主导，从心出发、由内而外，推己及人地扩大到对社会、人类、环境、自然、生态的整体关怀。
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創辦人為釋聖嚴法師，他對人類與宗教有不可抹滅的影響力，也曾代表中華民國在聯合國發表宗教大同的世界和平宣言。 农禅寺除了定期举办共修之外，早期各单位如基金会、法鼓文化等办公室均设置在此，其不仅是法鼓山的活动核心，更是蕴藏了法鼓人共同的记忆，亦是弘法之重要地点。 由于撰作资料之搜集，师曾数度游访印度、印尼，日本、美国等地。 三十八年抵台湾，翌年掩关于台北北投法藏寺，次年于关中创办“人生”月刊。 為護持中華佛學研究所、農禪寺的遷建工作，多位熱心的信眾於1989年3月自動發起成立「中華佛學研究所護法理事會」，推動募款事宜。
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心灵环保——心灵环保是法鼓山所有行动的总纲，主要意义乃在于保持心灵环境的纯净与安定。 法鼓山logo 生活环保——少欲知足、简朴自然，落实禅宗“修行就在行住坐卧间”的观念。 自然环保——知福惜福、感恩大地，体认人是自然的一部分，应极力保护自然免受污染与破坏。
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2001年1月演禪長老尼與淨圓法師顧及本身年事已高，為承續法務，便交由法鼓山承接，聖嚴法師為第三任住持，成為法鼓山在高雄地區弘化的重鎮。 另外，位於高雄市三民區的「三民精舍」，亦屬於法鼓山紫雲寺所轄之精舍。 因此，臺北市政府於2004年7月19日公告登錄農禪寺開山時期所建之二層農舍與慈悲門等二處建築物為本市歷史建築，並建議劃設為「保存區」，自此也免於拆遷之命運。 因此，法鼓山近年來舉辦佛教化的聯合奠祭、聯合婚禮、聯合祝壽等儀式，便是希望引導大眾將四環觀念落實於生活中。
其與修行實踐的直接結合，深受歷代祖師的特重，更感動無數的修學者，對大乘起信修行。 本論對心真如與心生滅的動態說明，解脫利他不再是遙不可及的佛菩薩境界，而是回到眾生當下、現前的一念心。 2014年，法鼓人文社會學院（2014年立案）與法鼓佛教學院（碩士班2007年開始招生、學士班2008年開始招生、博士班2012年開始招生）合併成為法鼓文理學院。 原來法鼓佛教學院繼續以法鼓文理學院佛教學系博士、碩士、學士班的名稱招生。 原來法鼓人文社會學院則以法鼓文理學院人文社會學群的名稱招生，於2015年春季，完成招收首屆「生命教育」、「社區再造」、「社會企業與創新」、「環境與發展」等四個碩士學位學程學生。
中華佛學研究所於1987年向教育部申請立案，同年7月1日奉准立案，於8月22日舉行成立大會。 而之前由中華學術院佛學研究所發行之《華岡佛學學報》，自第九期起更名為《中華佛學學報》。 其教育目標為以漢傳佛教的理論及實踐，培養德學兼備、解行並重，具有高尚宗教情操，並能帶動社會淨化之僧才。 其次、造就因應時代潮流下的佛教僧才，推動佛教教育文化工作，落實社會關懷。 再次之、加強國際交流與語言訓練，推動佛學教育國際化，培養深具國際宏觀之弘化僧才。 僧伽大學雖以大學為名，而且有其一定的學制，但仍為養成僧人的養成教育，與一般的大專院校體系並不相同，因此，目前並無教育部之授業認證。
1977年，聖嚴法師接任中華佛教文化館與農禪寺住持，除承繼東初老人之志業之外，更將佛法簡化為國人能夠理解、接受與運用的觀念及其修行法門，接著展開弘法利生的大菩薩行儀。 在编制上则设有都监一位、副都监一位，并设有贤首会、都监院、事务院、禅修推广中心、佛学推广中心、关怀中心、教育院、僧伽大学佛学院、事业体等单位，是法鼓山的核心组织机构。 其成立宗旨为：组织佛教教团、培养青年僧才、弘扬法鼓山理念，并以落实人间净土之理想。
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主要的成立宗旨即為從事佛教教育、文化與社會關懷工作，並推動佛法、漢傳佛教精神。 目前以舉辦各種法會共修活動，如念佛、初級禪訓班、大悲懺法會、淨土懺法會，以及皈依典禮、週日講經等活動為主。 其主要宗旨為從事佛教教育、文化與社會關懷工作，弘揚正信佛法、漢傳佛教精神。 主要的活動項目則是舉辦各種共修活動，例如地藏法會、千佛懺法會、藥師消災法會、觀音法會等。
法鼓山logo: 基金會
1978年，時任住持的聖嚴法師開始於寺中舉辦週日講經法會；同年4月，農禪寺借予場地給原設在新竹市福嚴精舍的「美國佛教會」駐台譯經院使用。 台南分院的成立可溯源至1990年8月17日法鼓山护法总会首度于台南举办联谊会，圣严法师南下慰问，在台南唯一一位劝募会员杨黄玉淑，主动邀集友人加入护持，因此揭开了台南分院涓滴成长的路程。 圣严法师承东初老人之遗志，于1977年老人圆寂后接掌佛门事务。
1977年5月，應當地學佛青年的需求而開辦禪坐訓練班，於是假沈居士的「菩提精舍」主持第一次禪七。 1978年底，在弟子的協助之下，於紐約市皇后區（Queens）林邊（Woodside）租下一層房子，成立「禪中心」（Chan Meditation Center）為固定道場。 翌年7月，聖嚴法師為了紀念恩師東初老人，特將此禪中心命名為「東初禪寺」，英文名稱則為「The Chung-Hwa Institute of Buddhist Culture」與位於台灣的中華佛教文化館名稱相同。